Im Abschlussbericht der IRRS-Mission 2011 bezeichneten die internationalen Inspektoren der IAEA das Schweizer System mit der Zweitmeinung als „sehr wertvoll“. Es wurde aber die Empfehlung ausgesprochen, dass wichtige Behörden, Kommissionen und Ausschüsse, die sich mit nuklearen Sicherheitsfragen befassen, wie beispielsweise die KNS, ihre Empfehlungen und Gutachten direkt beim ENSI einreichen, bevor dieses abschliessend entscheidet. Diese Zweitmeinung soll bereits in die Entscheidfindung des ENSI einfliessen und nicht erst im Nachhinein.

Im Rahmen der Überprüfungsmission der IRRS im April 2015 kamen die IAEA-Experten zum Schluss, dass die neue Vereinbarung zwischen ENSI und KNS zwar einen Fortschritt im Vergleich zu 2011 darstelle, aber nicht weit genug gehe. Sie haben deshalb erneut eine Empfehlung dazu formuliert, wonach die KNS ihre Stellungnahmen und Empfehlungen ausschliesslich beim ENSI einreichen soll und nicht gleichzeitig auch beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK oder dem Bundesrat. Dies habe in einer offenen und transparenten Weise zu erfolgen. Damit soll die Stellung des ENSI als einzige kompetente technische Behörde für nukleare Sicherheit in der Schweiz gestärkt werden.

Die Vereinbarung, die Ende März 2015 von ENSI und KNS unterschrieben wurde, betrifft Bewilligungen bei Kernanlagen und bei erdwissenschaftlichen Untersuchungen. Sie legt fest, wie die Empfehlungen der KNS in Gutachten des ENSI berücksichtigt werden. Die KNS stellt künftig der verfahrensleitenden Behörde und dem ENSI ihre Stellungnahme zu. Das ENSI dokumentiert in einem Anhang zu seinem Gutachten die Schlussfolgerungen und Empfehlungen der KNS und beschreibt den weiteren Umgang mit dieser Zweitmeinung. Das Gutachten des ENSI wird anschliessend bei der verfahrensleitenden Behörde eingereicht.

Für Gutachten des ENSI und Stellungnahmen der KNS dazu, welche den Sachplan geologische Tiefenlager oder das Entsorgungsprogramm betreffen, wurde bereits 2013 auf Initiative des Bundesamts für Energie BFE eine andere Vorgehensweise festgelegt, welche sich am Pflichtenheft des Sachplanverfahrens ausrichtet.