In Etappe 3 sind die verbliebenen Standorte vertieft zu untersuchen und die standortspezifischen geologischen Kenntnisse falls nötig mittels erdwissenschaftlicher Untersuchungen zu ergänzen, damit ein detaillierter Vergleich aus sicherheitstechnischer Sicht möglich ist. Die Lagerprojekte werden unter Einbezug der Standortregionen weiter konkretisiert und die sozioökonomischen Auswirkungen vertieft untersucht. Die Entsorgungspflichtigen schlagen die Standorte vor, an welchen Tiefenlager realisiert werden sollen (einen für HAA und einen für SMA) und reichen die Rahmenbewilligungsgesuche ein.

Die Rahmenbewilligungsgesuche werden von den zuständigen Fachstellen des Bundes geprüft. Die wichtigste von den überprüfenden Stellen zu beantwortende Frage ist, ob der dauernde Schutz von Mensch und Umwelt sichergestellt werden kann. Die erdwissenschaftlichen Eigenschaften des Standortes spielen eine zentrale Rolle. Die geforderte Sicherheit muss aber vom gesamten System (Abfälle, technische Barrieren, umliegende natürliche Barrieren) erbracht werden. Die Kriterien, anhand welcher die Langzeitsicherheit eines geologischen Tiefenlagers bewertet wird, sind in der Richtlinie ENSI-G03 festgehalten.