Das ENSI beaufsichtigt die nukleare Sicherheit und Sicherung während der Stilllegung des KKW Mühleberg. Es hat dafür auf der Grundlage internationaler Erfahrungen und Vorgaben sowie der Erfahrungen mit den Stilllegungsprojekten von Forschungsreaktoren ein eigenes Aufsichtskonzept erarbeitet. Die Aufsicht über die Stilllegung wird mindestens bis ins Jahr 2031 dauern. Die gesamte Stilllegung soll im Jahr 2034 abgeschlossen sein.