Dans le rapport final de la mission IRRS de 2011, les inspecteurs internationaux qualifiaient le système helvétique intégrant un second avis comme « très utile ». Il était cependant recommandé que des autorités, commissions et comités importants s’occupant de questions de sécurité nucléaire, comme par exemple la CSN, déposent directement leurs recommandations et expertises auprès de l’IFSN avant que celle-ci ne décide définitivement. Ce second avis doit être intégré lors de la prise de décision de l’IFSN et pas seulement de manière ultérieure.

Suite à la mission IRRS de vérification tenue en avril 2015, les experts de l’Agence internationale de l’énergie atomique (AIEA) arrivent à la conclusion que la nouvelle convention entre l’IFSN et la CSN correspond à un progrès par rapport à 2011. Elle ne va cependant pas assez loin. Ils ont donc formulé à nouveau une recommandation à ce sujet. En vertu de celle-ci, la CNS doit remettre uniquement ses avis et ses recommandations à l’IFSN et non pas simultanément auprès du Département fédéral de l’environnement, des transports, de l’énergie et de la communication (DETEC) ou du Conseil fédéral. Ceci doit alors se dérouler de manière ouverte et transparente. La position de l’IFSN comme unique autorité technique compétente pour la sécurité nucléaire en Suisse doit ainsi s’en trouver renforcée.

La convention a été signée fin mars 2015 par l’IFSN et la CNS. Elle concerne des autorisations pour des installations nucléaires et des études géologiques. Elle définit comment les recommandations de la CSN doivent être prises en compte dans les expertises de l’IFSN. La CSN transmettra ainsi son avis à l’autorité chargée de la procédure et à l’IFSN. L’IFSN documentera dans une annexe de son expertise les conclusions et recommandations de la CSN. Elle décrira le traitement consécutif de ce second avis. L’expertise de l’IFSN sera ensuite déposée auprès de l’autorité chargée de la procédure.

Pour des expertises de l’IFSN et des avis correspondants de la CSN, concernant le plan sectoriel « Dépôts en couches géologiques profondes » ou le programme de gestion des déchets, une autre démarche a été déjà définie en 2013 sur initiative de l’Office fédéral de l’énergie. Elle s’oriente sur le cahier des charges du plan sectoriel.